Создание ботанического сада СПбГУ началось в начале 1840‑х, когда садовый мастер Питер Бук высадил первые деревья перед зданием Двенадцати коллегий. Современный ботанический сад был создан в 1860‑е по инициативе профессора‑ботаника Андрея Бекетова, который добился передачи университету земли, расширения территории и строительства оранжерей и учебных зданий.
С 1935 года ботанический сад СПбГУ отнесён к памятникам истории культуры и садово‑паркового искусства и взят под охрану государства, как часть Императорского Санкт‑Петербургского университета.