В усадебном доме художник Илья Репин жил и работал почти 30 лет. Участок в финском посёлке Куоккала (ныне — Репино) он приобрёл в мае 1899 года и оформил на вторую жену Наталью Нордман. С лета 1903 года супруги проживали в усадьбе постоянно. На даче художника по средам собирались многие известные деятели: писатели Корней Чуковский, Александр Куприн, Леонид Андреев, Максим Горький, скульптор Павел Трубецкой, фотограф Карл Булла, оперный певец Фёдор Шаляпин и другие.
На месте существующего дома до покупки участка Репиным стояла маленькая жилая постройка. По проекту художника её реконструировали: возвели второй этаж с большой мастерской, достроили несколько комнат. В архитектуре использовались мотивы древнерусского искусства и северного деревянного модерна. Одна из отличительных черт репинского дома — его остеклённость почти на две трети. Так художник стремился создать идеальное естественное освещение. Работы по перестройке завершились к зиме 1911-1912 годов. Дачу в Куоккале Репин назвал «Пенатами» в честь древнеримских богов-хранителей домашнего очага и семейного благополучия.
Репин умер 29 сентября 1930 года в своей столовой в «Пенатах» — из-за проблем со здоровьем обеденная комната служила ему одновременно спальней и мастерской.
В 1940 году по завещанию Натальи Нордман в «Пенатах» был открыт дом-музей Ильи Репина, который просуществовал до начала Великой Отечественной войны. В 1941-м музейные экспонаты были вывезены на хранение в Академию художеств, а в 1944 году усадебный дом и другие деревянные конструкции «Пенат» сгорели. В 1950 — 1960-х годах облик усадьбы и постройки реставраторы восстановили на период 1905-1912 годов. Музей Репина открылся вновь в июле 1962 года.
Сейчас «Пенаты» являются филиалом научно-исследовательского музея при Академии художеств. Вся усадьба — памятник федерального значения, она входит в состав наследия ЮНЕСКО.