О намерениях Генпрокуратуры истребовать имущество СПбГУП стало известно 22 сентября. На следующий день Арбитражный суд наложил арест на имущество СПбГУП, включая учебный корпус и общежитие, а 24 сентября — по ходатайству Генпрокуратуры отстранил от должности ректора университета Александра Запесоцкого. Он возглавлял университет с 1990 года.
В иске Генпрокуратуры утверждалось, что ректор СПбГУП на протяжении десятилетий использовал вуз «для личного обогащения за счет полученных средств от платного обучения студентов и субсидий из федерального бюджета». Кроме того, по версии прокуратуры, Запесоцкий призывал студентов участвовать в «незаконных демонстрациях» и планировал несогласованные публичные акции. В самом университете назвали эти обвинения «выдумкой и фантазией».
Сегодня обязанности ректора временно исполняет Евгений Лубашев, директор Санкт-Петербургского техникума отраслевых технологий, финансов и права.
После 24 сентября, когда по ходатайству Генпрокуратуры Запесоцкого сняли с поста руководителя СПбГУП, Федерация независимых профсоюзов России обратилась в суд с требованием восстановить ректора в должности. Обращение с аналогичной просьбой президенту РФ Владимиру Путину и министру образования Валерию Фалькову 6 октября направил Ученый совет университета.