Буддийский храм «Дацан Гунзэчойнэй» имеет историю, которая связана с возникновением буддийской общины в городе и строительством храма. Инициатором строительства выступил учёный и дипломат Агван Доржиев — представитель Далай-ламы XIII в России. В 1900 году он получил разрешение на возведение храма в столице России. Участок для строительства Доржиев приобрёл на тогдашней северной окраине города, в Старой Деревне. Архитектурный проект разработал студент Института гражданских инженеров Н. М. Березовский, а строительные работы возглавил архитектор Гавриил Барановский.
Первое богослужение состоялось 21 февраля 1913 года в честь 300-летия династии Романовых. Освящение храма произошло 10 августа.
В советский период здание дацана занимали различные организации. Например, во время Великой Отечественной войны в храме работала военная радиостанция, позже здесь располагались лаборатории Зоологического института.